Claro que se pueden combinar, puedes escribir a un archivo lo que desees.
MATLAB cuenta con varias funciones para guardar una matriz a archivos de formato conocido, como Lotus, Excel, CSV (archivo de valores separados por comas). Sin embargo, para lo que deseas, tú debes escribir directamente los datos, para ello usa la función fprintf: primero escribe la cabecera y luego con un ciclo vas escribiendo los valores de la matriz (o matrices) que desees.
Suerte.
