Si no me equivoco, si tu fichero es binario lo puedes poner asi:
fwrite(&variable_struct,sizeof(struct nombre_estructura),1,fp)
un ejemplo sería:
struct clientes clien;
.
. /*metes los datos en la variable clien*/
.
fwrite(&clien,sizeof(struct clientes),1,fp);
Si es un fichero no binario, creo que lo unico que puede hacer es introduciendo registro por registro, pero no estoy muy seguro...
Espero haberte ayudado