Hola dmantil:
Intenta colocar tu programa en el menú inicio en la carpeta inicio dentro de todos los usuarios si estás en NT/2000. Miraré en Windows 9x donde se hace y te cuento.
Ruta en W2k:
Documents and SettingsAll UsersMenú InicioProgramasInicio
No estoy seguro si se debe hacer otra cosa pero pienso que no. Me cuentas si funciona.
Saludos,
gmantil