el problema es que tu programa presenta un error...
elñ error no es de sintaxis por eso el compilador te genera el .exe, pero el problema esta en el diseño..
debes hacerle un seguimiento paso a paso a tu programa porque en algun momento esta desborando la memoria..
revizsa los bucles, las cadenas y lo que trabajes en pnuteros, ya que estos, al igual que las invocaciones recursivas a las funciones, son las causas más frecuentes de este error;
JuanK