Pues creo que desde el bat no puedes decirle al programa que haga algo.
Si tienes el codigo fuente del programa que quieres abrir, lo mas facil es que lo modifiques para que acepte parametros para que haga las cosas automaticamente. Entonces, desde el bat, mandas llamar tu archivo con el parametro.
Si no tienes el codigo fuente, lo que se me ocurre que es utilices un vbscript en lugar del BAT y utilices el metodo SendKeys para que le mandes los teclazos que hagan el trabajo que quieres. Investiga como funciona el SendKeys