Hay dos formas, una facil y otra mas complicada
1. La facil, creas un acceso directo a tu programa, y luego añades ese acceso directo al Menu "Inicio/Programas/Inicio"
2. La complicada, modificas el registro, especificamente la clave HKEY_CURRENT_USERSoftwareMicrosoftWindowsCurrentVersionRun, y añades un nuevo valor (alfanumerico), con la ruta y el nombre de tu programa.