printf("Ingresa un nombre: ");
scanf("%s", &nom);
estas escribiendo siempre en la misma posicion del arreglo
si quiere guardar X numero de alumnos, con Y numero de notas
Si es así, bien, pero él no ha comentado eso en ningún momento. Navaja de Occamtal vez en eso me adelante pero tampoco tu codigo es del todo correcto por que tan to tu como yo no vimos el error en primer instancio el error es este