OpenGL es una biblioteca para aplicaciones gráficas. SDL es una biblioteca para aplicaciones multimedia, incluye, además de funciones para gráficos, funciones para entrada del usuario (teclado, joystick), salida de audio, red, entre otra.
OpenGL es más eficiente en el manejo de gráficos al hacer uso de la aceleración por hardware, es algo común utilizar una combinación de ambas.