a ver ....
si vos quieres hacer unsistema, que no toke las funciones de un sistema operativo , yque sin embargo , corra sobre el mismo ........ en los unicos que vas a ser capaces de lograr tu objetivo SIN NINGUN INCONVENIENTE, son en los sistemas operativos de modo real (lectura maestro), como el MS DOS.
En los sistemas operativos comowindows olinux, que trabajan en modo protegido (mas lectura maestro), no vas a poder realizar tu cometido, por cuestion de hardware y OS, no vas a poder meter mano a bajo nivel, sin entrometerte con el sistema operativo , .... en fin , yo que lo lei, no lo entiendo muy bien todavia pero te aseguro que es todo un problema hacerlo en esas platafoprmas.
la unica forma de ejecutar tus sistemas sin OS, es creando el tuyo propio (aunque sea una sola aplicacion booteable), pueas todo viene relacionado.
empesa leyendo como bootloaders, bootstrap, etc. solo te vas a ir encaminando.
a , y esto es inevitable ...... SI O SI ..... ENSAMBLADOR