Si cuando instalas el S.O. tienes conectado algo al USB. ya no lo toma (al menos el XP) como una unidad extraíble, sino que la incorpora como si fuera hardware nativo. Posteriormente un extracció no segura hace que el 'se pierda'.
La solución que yo encontré y que a mi me funcionó fue conectar a dicho USB otro USB de expansión con diferentes tomas adicionales al que conecté el pendrive, eso al parecer le obligó al plug and play a ponerse las pilas y reconocer el hardware conectado al terminal, luego retiré de modo seguro la extensión y al conectar el pendrive, nuevamente al extremo que acaba de ser desconectado la extensión ya lo reconoció como unidad extraíble.
Lo que ignoro es si ese es tambie´n tu caso, es decir cuando instalaste el S.O. tenías algo conectado al USB ???, sí sí, intenta lo que te he descrito...
También es posible que dependa del equipo, esto es ¿ que tiene el BIOS indicado hacer respecto al 'plug&play'. ?