Bueno para usar matrices y recorrerlas yo usaba un vector de vectores. Para esto usaba las famosas STL (standar template library) y su objeto vector ya que posee iteradores los que nos permite posicionarlos en cualquier parte del vector y recorrerlo.
Acá te dejo un ejemplito que hice recin para ver que tan oxidado estaba! jajaja Lo que hago es crear una matriz de 3x3 (uso funcion push_back de las stl) y luego la recorro con 2 while anidados.
vector<vector<int> > V;//creo un vector de vectores (matriz)
//creo 3 vectores para meter dentro del vector de vectores
vector<int> v1;
v1.push_back(1);
v1.push_back(2);
v1.push_back(3);
V.push_back(v1);
vector<int> v2;
v2.push_back(4);
v2.push_back(5);
v2.push_back(6);
V.push_back(v2);
vector<int> v3;
v3.push_back(7);
v3.push_back(8);
v3.push_back(9);
V.push_back(v3);
/*obtengo una matriz de 3x3 de la forma
1 2 3
4 5 6
7 8 9
*/
//de aquí me manejo mediante iteradores
vector<vector<int> >::iterator p=V.begin();
vector<int>::iterator q;
while(p!=V.end()){ //recorro la matriz y la voy mostrando con los iteradores
vector<int> aux=*p;
q=aux.begin();
while(q!= aux.end()){
cout << *q;
q++;
}//end while anidado
p++;
}//end primer while
getchar();
Para usar el vector de las STL tebemos incluir
#include <vector.h>
y no olvidarse del
#include <iostream.h>
para el cout ya que pertence a este...
Salu2 man y spero que te sirva de algo!