Eso es para hacer un bat que te ejecute el programa, eso quiere decir que tienes que crear un txt y pegar el codigo de manix pero con los datos modificandos como la direccion del archivo, el nombre del archivo etc.
Ha la hr de guardar vas a "guardar como" y le das extencion.bat , luego eso te genera un icono con un piñon, le das doble clik y ya te corre.
Si lo que intentas es compilar un programa .java en CMD, lo primero es saber si tienes bien configurado el patch...sabes que es? lo tienes bien configurado?