Pues si hablas de una aplicación de escritorio, te puedo decir que con lso que hay sólo se pueden poner en negrita determinadas fechas, con addBoldedDates o algo parecido si mal no recuerdo. Si es web creo haber leido que se pueden establecer colores redefiniendo el onDayRender.
Yo estuve en una tesitura parecida, en una aplicación de escritorio. Necesitaba un calendario en el que se marcaran de un color determinadas fechas, y al final lo hice fue crearme mi propio control calendario. Si quieres te lo puedo pasar, igual te sirve de algo, aunque sea de base.
Si lo quieres escribeme a Turumart[AT]gmail[DOT]com