Primero debes ponerle un breakpoint a tu proyecto.
Luego abre las ventanas de variable (esta sirve para ver el valor de todas las varibles):
windows > show view > variables
Para empezar a debuguear seria
run > debug as > java application
De esta forma el proyecto ya esta para checar variables y todo. Cuando llegues al breakpoint pudes seguir la secuencia de los llamados de los metodos ya se con f4 (se mete al metodo) o f5 que simplemente se va por la declaracion de los metodos
espero haberme explicado bien
