Ya esta resuelto y de una forma mas o menos correcta
Para ello he usado la librería
netpbm que viene ya instalada en linux (si no esta instalada usas el apt-get o el gestor de paquetes que use tu distro).
Luego, para capturar la pantalla, construimos una funcion que realice llamas con system de la siguiente forma:
xwd -root -screen -out captura //Obtenemos formato grafico nativo .xwd
xwdtopnm captura > captura.pnm //Pasamos a pnm
pnm2png captura.pnm > captura.png //Obtenemos un formato mas estandar .pngAparte habría que controlar que cada captura tuviese un nombre diferente (añadiendole al final un numero pej) y borrar los ficheros .xwd y .pnm que se crean durante el proceso.
Con este método podemos capturar en cualquier escritorio X-Windows
Un saludo