Que yo sepa hay 2 formas:
1. Crear un acceso directo a tu aplicacion en la carpeta "Inicio" o "Start up".
La carpeta puede estar en:
C:\Documents and Settings\USUARIO\Start Menu
o en
C:\Documents and Settings\ALL USERS\Start Menu
2. Modificar el registro de Windows
Hay que crear un "String Value" (que apunte a tu aplicacion) en:
HKEY_LOCAL_MACHINE\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run (para todos los usuarios)
o
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run (para el usuario actual)
