Si te fija bien tu mismo te respondiste.
Con la linea M1=[A1 B1] "la concatenas" no es exacta mente un mezclado ahora no se si es exactamente lo que necesitas.
Vamos a suponer esto
A1=[1 1 1;1 1 1;1 1 1]
B1=[3 3 3;3 3 3 ;3 3 3]
Al ejecutar M1 = [A1 B1] el resultado es este
1 1 1 3 3 3
1 1 1 3 3 3
1 1 1 3 3 3
Pero si lo que tu buscas es el siguiente resultado
1 3 1 3 1 3
1 3 1 3 1 3
1 3 1 3 1 3
Se podria hacer utilizando un bucle for o por indexacion de matrices.
Con la siguiente se tiene el resultado pero indexando matrices
M1=[A1(:,1) B1(:,1) A1(:,2) B1(:,2) A1(:,3) B1(:,3)]
Esto se puede usar cuando no se tiene buen conocimiento sobre los bucles como el FOR
Espero sirva