Bueno no entiendo muy bien, pero creo que lo que tenes que hacer es compilar cada clase (crear los .class) y levantar desde el html tu clase principal por ejemplo de la siguiente forma
<applet codebase="." code="otello.mensaje.class" name="TestApplet"
align="middle" height="500" hspace="0" vspace="0" width="600"></applet>
donde "otello.mensaje.class" es mi clase principal dentro de esa clase principal podes instanciar otras clases compiladas por supuesto en punto class , si tenes mas clases principales tenes que hacer de nuevo lo de la etiqueta applet
busca "otello" en el area de codigo fuente de solo codigo es un applet sencille que tiene varias clases creo que te puede ayudar
