Puedes subir la carpeta por ftp y con el script en php guardar en la base de datos el path y el nombre de la imagen de cada archivo en el subdirectorio o subcarpeta.
No se si sea necesario guardar en la base de datos los archivos.
Otra puede ser subir un zip, y descomprimirlo con php en el servidor, e ir guardando en la base de datos las imágenes.