Hola.
Por empezar lo que querés hacer es peligroso.
Lo que deberías hacer es que tus scripts tengan el flag S que indica que se ejecuta en nombre del usuario propietario del ejecutable. Esto lo podés ver acá: [el foro no me deja incluir un link a wikipedia, lo siento]
Ahora, tu programa se ejecuta como usuario root y eso soluciona tu problema. Pero te trae otros más peligrosos. Cualquier error en tu script le permitirá a un atacante hacer lo que quiera con el servidor.
No estoy seguro de lo que necesitás hacer. Pero yo trataría de hacer algo así:
1. Tu script CGI escribe en un archivo ciertos datos.
2. Un programa se ejecuta con el cron periódicamente como root
3. Lee lo que escribió el script y hace lo que sea necesario.
¡Suerte!
