Si no se puede hacer de esa forma, podría obligar al usuario a que el fichero de entrada tenga un determinado nombre. Per aún así, tengo un problema: si el usuario escribe uno solo de los caraceres del nombre del fichero, Matlab lo da por válido. Os pego un trozo del programa para que lo veáis:
chivato='ficheroentrada.txt'
entrada=input('Escriba el nombre del fichero');
while entrada~=chivato
entrada=input('Escriba el nombre del fichero');
end
De esta forma, si el usuario escribe "f" el programa sale del lazo while y continúa.