Saludos
Te recomendaria Apache tomcat 6 que es la version mas reciente ademas cumple con las espificaciones servlet/jsp [2.5/2.1] , como comentario , te recomiento que uses jee de Eclipse muchas heramientas como myeclipse se basan en estas para crear sus extenciones, en la ultima version ya incluye un editor wysiwyg para web el cual es bastante bueno ademas de multiples conectores a servidores.
Si quieres un verdadero servidor de aplicaciones [tomcat solo es de Servlets/jsp] te recomiendo Glassfish en cual es un servidor de aplicaciones j2ee 5 compilant ademas el motor de jsp/servlets se basa en catalina[Servidor Servlets/jsp de apache el cual es el corazon de tomcat] + las extenciones "grizzle" el cual lo hacen extremendamente mas rapido que tomcat en Servlets/jsp, Glassfish ademas es un contenedor de EJB 3.x entre otras muchas cosas.
con respecto a los manuales enviame un mensage privado ya que por cuestiones de permismos no puedo escribir nigun tipo de link :S
ademas con respecto al manual de myecplise ese si te lo quedaria debiendo pero en google todo se encuentra
