Si no encuentras la librería seria bueno que implementaras la función de la transformada de fourier.
Dspguide Transformada Discreta de fourier DFT
Dspguide Transformada rápida de Fourier FFT
La DFT es mas fácil de implementar pero tiene en desventaja que utiliza N^2 operaciones complejas.
La FFT es un algoritmo y como tal existen varios metodos de los cuales se destacan decimación en el Tiempo y decimación en Frecuencia. El primero es el que hace referencia el capitulo 12 de la pagina Dspguide y del cual hay un algoritmo en Basic fácil de entender para transcribirlo a C. Tiene en ventaja que utiliza menos operaciones complejas que la DFT con N*Log(N)/Log(2) ----> que es lo mismo N*Log(N) en base 2 operaciones.