Hola, ¿has comprobado que realmente no se ejecuta?. Lo digo porque tienes puesto el modificador .Hide, que precisamente es para que no se vea la ejecución, por lo que a lo mejor se te está ejecutando pero no ves nada.
Si no lo has hecho ya, prueba a poner el modificador AppWinStyle.NormalFocus en lugar del .Hide y si quieres, prueba a añadir una instrucción "Pause" al final del código de tu .BAT, para así asegurarte que se para al final antes de cerrarse la ventana y poder ver si se ha ejecutado realmente o no.
A lo mejor todo esto ya lo has probado, pero bueno, por descartar posibilidades.
Saludos
