¿Podrías poner la parte de código que usas para intentar actualizar la BBDD?
El DataSet (supongo que hablas de los DataSet de ADO.NET) es un objeto que no mantiene la conexión con la BBDD, es decir, tú solicitas una serie de datos y cuando los obtiene corta la conexión con la BBDD, por lo que cualquier modificación que hagas sobre el DataSet se está realizando a nivel local, hasta que no actualices dichos cambios sobre la BBDD, ésta no se verá afectada por ellos.
Para ello, si no recuerdo mal, necesitabas lanzar el método .Update del DataAdapter correspondiente y luego el .AcceptChanges del DataSet, para que así marque todos los cambios pendientes como efectuados.
A lo mejor es lo que te está pasando. Si pones el código que estás usando será más sencillo intentar localizar el error.
Saludos
