Si haces eso, PIERDES EL REGISTRO DE WINDOWS. Por ende, la mayoria de los programas te van a dejar de andar.
Intenta iniciar en modo a prueba de fallos(F8 cuando inicia) y apagar alli. Si apaga bien, debe ser un problema con un Dirver.
¿Instalate algo ultimamente? Impresora, Scaner, AntiVirus, AntiMalware,etc.....