A ver... quieres dar de alta usuarios en un sistema linux desde php???? No te lo aconsejo para nada.
Pero igualmente, si lo necesitas, primero tienes que llamar a la shell desde php con la función shell_exec. La cual te devuelve el texto que verías en la shell..
Para la administración de linux (Esta parte iría en un foro de linux), utilizas el comando useradd y tienes las siguientes opciones (las más importantes):
-d Directorio "home" del usuario, es decir el directorio a donde inicia su sesión.
-e Fecha de vencimiento de la cuenta. En formato YYYY-MM-DD
-g Grupo inicial al que pertenece el usuario.
Igualmente, te recomiendo que hagas una muy buena lectura de administración de linux, porque está en juego todo lo que haya en la pc.
Altareum.