SoloCodigo

No he usado las DLLs que mencionas con Matlab, pero cuando mencionas "nuevos puertos" ¿a qué te refieres?
No es que MATLAB sólo acepte comunicación con puerto serie y paralelo, sino que sólo para éstos es que tiene funciones definidas , y bueno, también para algunos dispositivos de adquisición de datos.

En caso de tener ya un código hecho en C por ejemplo (usando una DLL de las que mencioans), yo intentaría con las funciones MEX.

Seguimos platicando por aquí .

A nuevos puertos me refiero, puertos que resultan de diseñar tu propia tarjeta de adquisicion dandole una direccion diferente a los puertos convencionales.

¿USB, PCI...?

Voy a intentar con las funciones MEX  aver q me resulta

Recientemente utilicé un PIC 18f2550 con módulo USB, para poder usar la DLL que provee Microchip para transferencias bulk tuve que usar funciones MEX, no me agradó mucho el método ; después probé mediante CDC (usando el puerto USB como si de un RS-232 se tratara) y me pareció más adecuado puesto que pude usar las funciones para puerto serie de MATLAB sin muchas complicaciones. En el caso de USB, yo recomendaría esta alternativa .