Aunque no lo mencionas, supongo que por la libreria estas utilizando Turbo c, bueno, hace años hice algo parecido, la solucion seria que antes de que dibujes el nuevo circulo, dibujes en el mismo lugar otro circulo pero con el mismo color que utilizas para el fondo, para que se borre el anterior, y entonces dibujas el nuevo circulo en la nueva posicion.
Tambien podrias hacer XOR de bits, busca mas informacion al respecto.
Saludos
