java no genera exes.
si tu problema es que para probarlo tenes que abrir netbeans, hay una forma mas facil:
* correlo de consola
o
* crea un .bat o .sh
cd tuproyecto/src
javac Main.java // o como se llame
java Main // o como se llame (nota que no puse .class)
una vez que lo compilaste, no hace falta que lo compiles todas las veces, solo cuando
hagas cambios