Cambiate el al directorio de Trabajo
mediante la instruccion chdir(Dir_Trabajo);
#define DIR_TRABAJO "/usr/Mis_Arch"
#include <dir.h>
chdir(DIR_TRABAJO);
/***
Abres Los Archivos, con open o fopen
***********************************/
int Fid_1;
open("Archivo_1",Opcion,Modo);
/**********
la otra forma es colocar la referencia completa desde la raiz)
**************************************/
int fid;
Fid = open("/usr/Mis_Arch/Archivo_1",opción,Modo);
Espero te Siva de Ayuda.