Se me ocurren varias formas de hacerlo:
1) Utilizando la etiqueta <IFRAME> que sitúa un documento HTML dentro de otro, en un área definida por ti.
Por ejemplo:
<IFRAME SRC="miscript.cgi" MARGINWIDTH="0" MARGINHEIGHT="0" SCROLLING="no" WIDTH="200" HEIGHT="100"></IFRAME>
2) Utilizando código JavaScript. En este caso tu script no debería devolver código HTML tal cuál sinó código JavaScript que muestre el código HTML en última instancia.
Te adjunto un ejemplo sobre esta forma de hacerlo.
3) Utilizando exec cgi.
Por ejemplo:
<!--#exec cgi="miscript.cgi"-->
Salu2,
Avalon
