La solucion
int SetWaitTime(char *minutes)
{
char totalDigit;
char index;
int totalMinutes;
char pow;
totalDigit = strlen(minutes);
totalMinutes = 0;
pow = 1;
for(index = totalDigit;index > 0;index--)
{
minutes[index-1] &= 0x0f;
totalMinutes += minutes[index-1] * pow;
pow *= 10;
}
return totalMinutes;
}
Nota: Esto funcionara solo con string de numeros, se puede perfeccionar para descartar los caracteres alpha pero eso esta lejos de lo que pretendia lograr y esta solucion me acomoda perfectamente y solo ocupa el 3% comparado con atoi() ,espero sirva a alguno que este en el mismo problema que estaba yo.
gracias y saludos