No estoy seguro que desde Applet se pueda, pero sé que Java tiene las clases Runtime y Process para lanzar ejecutables.
El código para lanzarlo es algo tal que así:
Runtime r=Runtime.getRuntime();
Process p=null
String comando[]={"ruta del programa","argumentos"}
try
{
p=r.exec(comando);
p.waitFor(); (Supuestamente espera a que el programa termine pero a mí me hacía todo tipo de cosas raras).
}
catch(Exception e)
....
Espero que te sirva de ayuda
.
