La verdad no se que tanto conocimiento tengas en PHP, pero asumiré que tienes un nivel intermedio y lo que tienes es problema con la lógica.
Lo que yo haría, sería que cada link enviara a un por ejemplo "contador.php", con parametros indicandole a que página o archivo quiero ir, ésto puede ser por post o por get.
En "contador.php" haría la consulta necesaria para insertar la página a la que va y posteriormente redireccionarlo a donde originalmente quiere ir el usuario.
