No voy a poder ser de mucha ayuda porque parece ser más extenso el asunto, pero sobre cómo llamar al ejecutable del programa, pues en VB llamas a un ejecutable de X programa así:
Shell "C:Ruta del programaPrograma.exe"
También está el ShellExecute el cual depende de una Api y es esto así:
Private Declare Function ShellExecute Lib "shell32.dll" Alias "ShellExecuteA" (ByVal hwnd As Long, ByVal lpOperation As String, ByVal lpFile As String, ByVal lpParameters As String, ByVal lpDirectory As String, ByVal nShowCmd As Long) As Long
Un ejemplo: Esto va en el commandbutton o el control desde donde llamaras al programa.
ShellExecute 0, "OPEN", "calc.exe", vbNullString, vbNullString, 1
Si te refieres a programar algo entre dos lenguajes, pues no sabría decirte mucho sobre eso. Dices que ya sabes cómo hacer lo de capturar los datos y enviarlos a un archivo, así que espero que lo que te falte sea sólo lo que te he indicado, supongo yo, no sé
