Mira son muchas las opciones, incluso la de incluir un numero de serie, cosa que Yo no he utilizado.
En la pestañla sistema de archivos puedes agregar accesos directos donde quieras, e incluso si tienes insertado un icono, tambien puedes seleccionar un icono para que con eso se vea el acceso directo.
Tambien puedes crear una carpeta nueva en el menu de inicio.
Al seleccionar el proyecto en el explorador de soluciones, con el boton derecho pordras ver que puedes hacer cambios en las ventanas de instalacion como hasta ingreso de claves en el registro de windows en la opcion Ver.
Las opciones son las siguientes:
Sistema de archivos
Registro
Tipos de archivo
Interfaz de usuario
Acciones personalizadas
Condiciones de inicio
Abre esas ventanas y alli te darás cuenta de muchas cosas que podrás realizar.
Suerte.