¿Ya configuraste el BIOS para que detecte todas la unidades automáticamente?. El único problema que habría es un ligero atraso en el arranque. Otra sería tratar de ponerlo en otro PC (si lo tienes disponible), para checar que no sea problema de otro componente.
Hasta donde yo sé, de ser otro problema directo del disco duro, tendrías que ir con un especialista, ya que solo te quedaría tratar de crear de nuevo la partición.
