SoloCodigo

Bueno seria interesante que digas dos subdirectorios respectoa que, su pon go que te refieres a que nesesitas crear dos directorios en dentro de uno, bueno entra a la carpeta de toolbox de matlab copia ahi estos directorios, por ejemplo dentro de una carpeta ADSP. y para añadir al path de matlab ejecutas...

addpath(genpath('C:\MATLAB7\toolbox\ADSP'))

Si esto nbo funciona  

addpath(genpath('C:\MATLAB7\toolbox\ADSP\adsp'))
addpath(genpath('C:\MATLAB7\toolbox\ADSP\gui'))

En el caso de que adsp o gui tenga mas subdirectorios, si no es el caso puedes quitar genpath

Saludos.....