Hola:
Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 0
at Automata.read_Alfabeto(Automata.java:70) //
at Automata.main(Automata.java:101) // que son las lineas donde esta el error
Significa que el índice de acceso al array está fuera de rango. Los índices de acceso al array son 0-based, es decir, van desde 0 hasta n-1, dónde n es la longitud del array. En este caso, el error es que el índice '0' se ha salido del array, lo que significa que a la hora de declararlo, lo declaraste con longitud cero.
Un saludo.
Luis Javier López Arredondo