Hola,
Hay una posibilidad de establecer relaciones en phpMyAdmin.
Yo lo hice hace mucho y la verdad que no lo recuerdo muy bien.
Fijate si encontrás info en el Google.
Lo que te permiten hacer las tablas relacionales es prácticamente lo mismo que las relaciones en Access. Mantienen integridad referencial, etc... Yo por mi parte prefiero no usar esa característica.
Para establecer las tablas relacionales creo que era necesario crear una base de datos especial de phpMyAdmin y configurar config.inc
Saludos.