Te falta indicar si tu equipo de computo está en red, o si los usuarios tienen el acceso a tu equipo.
Si los usuarios tienen acceso a tu equipo y clave de administrador, nada evitará que puedan eliminar los archivos. Escondiendo el fólder puede ayudar, solo si los usuarios no son expertos.
Si escondes la base de datos o si le colocas el atributo de solo lectura, entonces tu programa no podrá abrir la base de datos para editarla.
Por otra parte si te encuentras en red, mientras tu programa se esté ejecutando no puede eliminarse la base de datos.
Puedes cambiarle el nombre a la base de datos y renombrarla antes de usarla y al salir del programa volver a cambiarle el nombre, o puedes intentar cambiar la base de datos a otro fólder, copiándola solo cuando la necesites.