Debe ser que solo estás empaquetando...
No he manejado el eclipse, de hecho yo utilizaba el FreeJava, pero supongo que debe estar la opción de definir la clase principal ejecutable, de modo que cree el manifest.mf especificando el .class principal (el que contiene el método main() ).
También puedes intentar abrir el .jar con una aplicación como WinRAR, para buscar dentro a ver si es que ha creado ese archivo
