de hecho pues como sabes en el filezilla subes los archivos y tu pagina en el servidor y ya listo, pero en este caso pues no se donde se guardarian dichos archivos y se accesarian a ello
es lo mismo, te conectas al servidor web (que tendria que tener el ftp habilitado) y subis los archivos
si por ejemplo en un formulario simple le agrego el enviar un correo, si estoy en internet facilmente se envia , pero si estoy en la intranet como accedo a internet para poder enviar dicho correo
tenes que tener un servidor de mail (postfix, smtp) configurado en la intranet y poder rutear mails hacia afuera
en resumen, poner en una maquina un servidor web (p.ej apache) y pedis que te den acceso por ftp a la raiz del directorio web (p.ej /var/www/), en ese server o en otro pones el servidor de base de datos (si esta en otro tenes que habilitar el acceso externo a la bbdd), despues pones un server de mails en una maquina (te convendria que este a donde esta el apache), configuras el router para que salgan los mails.
la slucion simple es poner el server web, la bbdd y el server de mail en la misma maquina, si tienen alta demanda te conviene separarlos.
basicamente es lo mismo, si le agregas un dns a la ecuacion te podes referir a las maquinas por nombre como lo haces en internet.
espero que sirva, si te interesa complicarte te recomiendo probar xen
