La mejor es la que necesites...
Yo soy un amante de .NET...
pero siendo objetivos depende del negocio:
--Si quieres desarrollo rápido sin perder el control y proyectándote a un sistema robusto: .NET o Java
--Si quieres algo económico: .NET o Java dependiendo de los IDE que uses
--Si quieres costos mucho mas bajos en recursos tanto humanos como de tecnología aunque no sea tan robusto desde el punto de vista de arquitectura: PHP
--Si te gusta mucho java o .NET pero no te quieres enrollar con arquitecturas y quieres atacarlo desde el punto de vista de la velocidad de acceso al código, es decir código funcional sin detenerse mucho en la arquitectura ni esquemas, mejor dicho en PHP pero sin ser PHP: JSP, ASP .NET
--Si quieres que sea multiplataforma: cualquiera de los ya dichos
--Si quieres usar el lenguaje con el mejor soporte de herramientas sin importar el costo: .NET
--Si quieres usar el lenguaje con buen soporte de herramientas pero que sean gratuitas: Java, o bueno las versiones Express de .net son muy buenas con todo y todo...
--Si quieres algo rápido en ejecución ... puede ser php pero si estas haciendo algo robusto: .NET ... nunca jsp.
Todo depende de ti.