hola federico, antes que nada gracias por dignarte a leer mi mensaje,
te cuento que yo tambien tuve mis dolores de cabeza con la conexion de clarion con mysql, y lo resolvi trabajando mucho como una hormiga, te cuento.
cuando yo quise conectar mi base de manera convensional es decir con un odbc, me daba un error cuando sincronizaba el diccionario, no lo recuerdo bien por que fue hace tiempo, te digo como lo resolvi.
1.- primero diseñe la base de datos en mysql con tablas aisladas y unicamente con claves primarias o principales.
2.- sincronice la base con el diccionario mediante la opcion synchronize de clarion, procedimiento que se ejecuto sin ningun problema.
3.- especifique las relaciones de manera manual, tanto en el diccionario de clarion como en la base en mysql, un trabajo tedioso pero que hasta ahoa anduvo sin ningun inconveniente.
4.- trabajo de manera normal, y si actualizo la base en mysql y tengo que actualizar el diccionario no tengo inconvenientes.
conclusion: me imagino que por el lado de clarion -> mysql debe existir ese bug unicamente en la sincronizacion o importacion del diccionario, ya que actualmente la base convive exitosamente con el programa, es un sql mas.
otra, yo trabajo con la version 5 de mysql y un odbc que me costo mucho conseguirlo que tambien es exclusivo para esa version
bueno, me voy me quedan mas cosas para conterte pero lamentablemente tengo que irme, saludos hasta la proxima