Buenas.
Hasta donde tengo entendido, y en lo que lo aplico, usar dos proyectos sirv e para probar dll's o ocx's y podes modificarlos sin tener que usar dos instancias del vb.
Para poder comunicar dos aplicaciones puedes usar subclasificacion y mensajes con las api's. Si lo haces fijate usar valores que no esten definidos por windows, ya que puedes tener resultados inesperados.
Saludos