Encontre una solución, aunque no me llega a convencer del todo, la pongo por si le pudiera valer a alguien:
public class ExportTest{
public ExportTest(){
try {
Runtime.getRuntime().exec("cmd /C start c:/copia");
}catch(Exception e){
e.printStackTrace();
}
}
public static void main(String args[]){
new ExportTest();
}
}
siendo copia un archivo .bat con lo siguiente:
mysqldump -u root almacen > c:\copia2sql
Si alguien sabe de alguna solución que sirve tanto para linux como para windows sin necesidad de cambiar nada, y si es posible sin necesidad de utilizar un archivo externo se lo agradecería. Un saludo!