Hola, mirá acabo de hacer un ejemplo que te puede servir para sacar una idea
Lo colgué acá
Ocultar y mostrar systraysi bien decís que querés ocultar "solo algunos íconos", el ejemplo " oculta todos "
Lo que se me viene a la cabeza ahora, es que uses el api EnumChildWindows por ejemplo para recorrer las demás ventanas hijas a partir de una ventana padre. (en el Api guide tenes un ejemplo del uso de EnumChildWindow, es muy facil usarlo)
En este caso la ventana padre sería la que en el código utiliza el nombre de clase llamado "Syspager". Ese hwnd es el de la bandeja de sistema
Luego al enumerar las ventanas, podés obtener el caption de las mismas con GetWindowText. Esto es para saber que icono "a partir del caption" debes ocultar o no, no se si me explico
Luego para ocultar y mostrar usá el Api ShowWindow pasandole el Hwnd de cada icono
Esto no lo probé pero puede funcionar, es una idea
Espero que te sirva, cualquier duda escribe a ver si te podemos ayudar
