Encontre una solución, aunque no me llega a convencer del todo, la pongo por si le pudiera valer a alguien: 
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- public class ExportTest{ 
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-   public ExportTest(){ 
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-     try { 
-       Runtime.getRuntime().exec("cmd /C start c:/copia");  
-                 }catch(Exception e){ 
-       e.printStackTrace(); 
-     } 
-   } 
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-   public static void main(String args[]){ 
-     new ExportTest(); 
-                  
-   } 
- } 
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siendo copia un archivo .bat con lo siguiente:
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- mysqldump -u root almacen > c:\copia2sql 
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Si alguien sabe de alguna solución que sirve tanto para linux como para windows sin necesidad de cambiar nada, y si es posible sin necesidad de utilizar un archivo externo se lo agradecería. Un saludo!